Την Κυριακή 19 Μαρτίου συμπληρώνονται 56 χρόνια από την ουσιαστική ίδρυση αυτού του τεράστιου σωματείου με την επωνυμία Αχιλλέας, Ζακυνθιακός, ΑΠΣ Ζάκυνθος…1961. Ήταν 19 Μαρτίου ημέρα Κυριακή 1961 όταν ο Αχιλλέας που έγινε μετέπειτα Ζάκυνθος μετά την συγχώνευση με τον Απόλλωνα στο γήπεδο της Ένωσης ( Στου Ζήβα στο δρόμο του ΚΤΕΟ) έδωσε το πρώτο επίσημο παιχνίδι στο πρωτάθλημα Πατρών με αντίπαλο την Δόξα Μανωλάδας ένα παιχνίδι που έληξε 1-0 για την ομάδα του νησιού μας… Στο Στάδιο ο Αχιλλέας ήταν αυτός που το εγκαινίασε τον επόμενο χρόνο στις 25/3 1962 με αντίπαλο τον Πέλοπα Πύργου ένα ματς που έληξε και πάλι 1-0 για την Ζακυνθινή ομάδα. Μέχρι το 1961 ο τόπος μας δεν είχε καμιά επίσημη- εγγεγραμμένη ομάδα στα μητρώα της ΕΠΟ, Παρ΄ ότι υπήρχαν δεκάδες ανεξάρτητες ομάδες.
19 Μαρτίου 1961 στο γήπεδο της Ένωσης (στου Ζήβα) ο Αχιλλέας υποδέχεται την Δόξα Μανολάδας (1-0) στην φωτογραφία διακρίνονται ο 17χρονος τότε Γιάννης Πομόνης και ο Αγαπητός
Το καταστατικό το τότε Σωματείου είχε κατατεθεί στην Πάτρα ένα χρόνο πριν, στις 15 Δεκεμβρίου του 1960 . Η συγκεκριμένη ομάδα μέσα σε 3 χρόνια κέρδισε τρεις κατηγορίες…Από εκείνη την στιγμή και μετά το νερό μπήκε στο αυλάκι και η ομάδα σιγά σιγά ανδρώθηκε, γιγαντώθηκε και έφτασε να γίνει το καμάρι του κάθε απανταχού Ζακυνθινού φιλάθλου.. Σε λίγες ημέρες συμπληρώνονται 56 χρόνια από εκείνη την αλησμόνητη στιγμή… που οι παλαιότεροι θυμούνται με νοσταλγία… Το 1963 η ομάδα μετονομάστηκε σε Ζακυνθιακό, παρ΄ ότι απέτυχε η πρώτη απόπειρα συγχώνευσης με τον Απόλλωνα που ήταν η 2η επίσημα εγγεγραμμένη ομάδα του τόπου μας στα μητρώα της ΕΠΟ από τις 22/5 1961 και συμμετείχε στο πρωτάθλημα της Γ΄ κατηγορίας Πατρών την περίοδο 1961/62.
Τελικά η συγχώνευση έγινε το 1970. Μέχρι το 1969 Οι δύο ομάδες Ζακυνθιακός και Απόλλωνας αγωνίζονταν στο πρωτάθλημα Πατρών. Την περίοδο 1969/70 αγωνίστηκαν αμφότερες στο πρωτάθλημα της Α΄ Ηλείας-Ζακύνθου και συγχωνεύτηκαν στο τέλος της συγκεκριμένης σαιζόν
Πρώτη μεγάλη επιτυχία του συλλόγου ήρθε τις περιόδους 1970-71 και 1972-73, όταν η ομάδα κατέκτησε το πρωτάθλημα της Ε.Π.Σ. Ηλείας-Ζακύνθου και έλαβε μέρος στα μπαράζ ανόδου στη Β’ Εθνική τερματίζοντας όμως και τις 2 φορές 2η στον όμιλο, χάνοντας την άνοδο από Σύρο και Εθνικό Αστέρα αντίστοιχα.
Τα χρόνια που ακολούθησαν η Ζάκυνθος έκανε κάποιες συμμετοχές στην “Εθνική Ερασιτεχνική”, που ήταν τότε η 3η εθνική κατηγορία. Το 1982 υποβιβάστηκε στο νεοϊδρυθέν πρωτάθλημα της 4ης κατηγορίας και φτάνοντας ως την 2η θέση του ομίλου της το 1986 πίσω από τον Παναργεικό. Ωστόσο, στην συνέχεια, ο σύλλογος βίωσε κάποιες μέτριες σεζόν πελαγοδρομώντας μεταξύ της Δ’ Εθνικής και των Τοπικών πρωταθλημάτων ώσπου να καταφέρει ύστερα από το 1997 να σταθεροποιηθεί στις εθνικές κατηγορίες.
Το 2006 η ομάδα πήρε την άνοδο για πρώτη φορά στην ιστορία της στην επαγγελματική Γ’ Εθνική και συνεπώς την ακόλουθη περίοδο 2006-2007 αγωνίστηκε για πρώτη της φορά στην 3η τη τάξει εθνική κατηγορία χωρίς ωστόσο να καταφέρνει να παραμείνει αφού τερμάτισε στην τελευταία θέση του ομίλου της και επέστρεψε στο Ερασιτεχνικό Πρωτάθλημα.
Την επόμενη χρονιά η Ζάκυνθος πήρε εκ νέου το πρωτάθλημα στον όμιλό της στη Δ’ Εθνική και πέτυχε αμέσως την επάνοδό της πετυχαίνοντας μάλιστα την ακόλουθη χρονιά την παραμονή της στην Γ’ Εθνική όπου συνέχισε να αγωνίζεται ανελλιπώς ως το 2013. Σημαντικότερη στιγμή για τον σύλλογο αυτό το διάστημα ήταν η 3η θέση στο Νότιο όμιλο και η συμμετοχή στα μπαράζ ανόδου τη σεζόν 2011-2012.
Την αγωνιστική περίοδο 2012-2013 θα πραγματοποιηθεί τελικά το όνειρο της ανόδου στην Β’ Εθνική. Αν και η Ζάκυνθος τερμάτισε μόλις στην 7η θέση και μετά από τεράστιους δικαστικούς αγώνες κατάφερε να κάνει το όνειρο του κάθε Ζακυνθινού πραγματικότητα.
Στη Β΄ Εθνική αγωνίστηκε για τρείς συνεχόμενες περιόδους μέχρι και την περίοδο 2015-16 που κατετάγη 15η και υποβιβάσθηκε στη Γ΄ Εθνική στην οποία όμως δε δήλωσε συμμετοχή[1] καθώς διεκδίκησε δικαστικά την παραμονή της ομάδας στη Β΄ Εθνική στη θέση του 14ου Πανελευσινιακού χωρίς να το επιτύχει με τα γνωστά σε όλους γεγονότα του περασμένου καλοκαιριού και του Φθινοπώρου.